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实验外包| 表达谱芯片服务
产品价格：请联系咨询
更新时间：2018-05-31
产品型号：分子生物实验外包
产品品牌：沃登医学
产品分类：上海医药保健 > 上海医疗设备
发布企业：上海沃登生物科技有限公司
发布 IP：117.144.*.*
郑重提示：联系之前请务必点此阅读防骗提示!
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产品型号：分子生物实验外包
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详细介绍
表达谱芯片
一、表达谱芯片服务介绍
全基因组基因表达谱的检测对疾病研究有非常重要的意义。一方面，基因表达谱的检测可以应用于疾病生物标记物的筛选。另一方面，基因表达谱的检测可以为基因功能研究提供线索，有助于揭示疾病发生发展的分子机制。
沃登生物为您提供全基因组表达谱芯片技术服务，您只需要提供保存完好的组织或细胞标本，本公司的芯片技术服务人员就可为您完成全部实验操作，并提供完整的实验报告。同时，根据您的研究需要，我们还提供基因网络关系分析、分子标志物筛选分析等数据挖掘服务。
1.沃登表达谱芯片产品列表：
沃登还提供多类物种的表达谱芯片：
动物：兔、猪、斑马鱼、果蝇等；
植物：水稻、玉米、拟南芥、烟草等；
微生物：大肠杆菌、酵母等。
动物：兔、猪、斑马鱼、果蝇等；
植物：水稻、玉米、拟南芥、烟草等；
微生物：大肠杆菌、酵母等。
表达谱芯片
2.沃登表达谱芯片特点：
1）.原位喷墨合成技术：原位合成的探针使得芯片平台具有极高的稳定性，喷墨合成技术可以大规模、灵活地合成探针，为客户提供最新的芯片设计；
2）.60mer的长探针：与短探针相比，具有更高的信噪比、灵敏度和特异性；
3）.权威公认：2006年美国FDA发表的主流芯片平台评估报告MAQC中，Agilent array 的C-V值、检测基因数目、与Taqman探针的重复性均处于国际同行业领先水平。
二、表达谱芯片服务内容
1.样品RNA抽提：
1）.实验对象为组织样品，取适量（50-100mg）新鲜组织样品或正确保存的组织样品，使用BioPulverizerTM冰冻粉碎组织，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（Invitrogen），使用Mini- Bead-Beater-16匀浆后抽提RNA；
2). 实验对象为细胞样品，每份样品取1×106～1×107细胞，加1ml的RNA抽提试剂TRIzol（样品为贴壁细胞，每10cm2培养皿TRIzol使用量为1ml），裂解后抽提RNA。
2.RNA质量检测：
1). 使用Nanodrop测定RNA 在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值，以计算浓度并评估纯度；
2). 用甲醛电泳试剂进行变性琼脂糖凝胶电泳，检测RNA纯度及完整性；
3).提供RNA QC报告。
注意：用于芯片检测的RNA样品，必须是高质量的，完整的，没有RNase污染（降解的样品不能用于标记和芯片检测），没有基因组污染。
3.cDNA/aRNA样品合成和标记。
4.标记效率质量检测：
使用Nanodrop检测荧光标记效率，标记效率合格以保证后续芯片实验结果的可靠性。
5.芯片杂交：
在标准条件下将标记好的探针和高密度基因组芯片进行杂交。
6.图像采集和数据分析：
使用GenePix 4000B芯片扫描仪扫描芯片的荧光强度，并将实验结果转换成数字型数据保存，使用配套软件对原始数据进行分析运算。
7.提供实验报告，包括详细的实验方法以及芯片实验数据和图表，以双色标记实验为例：
1).Scanning Image: Cy3、Cy5荧光扫描图像；
2).MA-plot: MA图，X轴为A值[log2(Exp)+log2(Control)]/2，代表点的整体信号强度，Y轴为M 值log2(Exp)－log2(Control)表示点的两通道信号差，可由MA图观察芯片数据是否存在强度依赖的系统偏移以及信号差异点的比例；
MA图
3).Raw Data: 探针的扫描荧光信号强度原始数据；
4).Normalized Ratio: 原始数据经过统计学方法标准化后的比值的对数，log2(Exp/ Control)；
5).p –value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该基因在两样本间差异表达越显著；
6).Significant Up & Down Regulated Gene List: 给出Fold Change>=2，p-value<0.05的基因列表；
7).Scatter Plot: 散点图，X轴为Control（Cy3）数据值，Y轴为Exp(Cy5)数据值，表示芯片上两通道数据总体分布集中趋势。
4).Normalized Ratio: 原始数据经过统计学方法标准化后的比值的对数，log2(Exp/ Control)；
5).p –value: T-test统计分析显著差异表达的基因，p-value越小，该基因在两样本间差异表达越显著；
6).Significant Up & Down Regulated Gene List: 给出Fold Change>=2，p-value<0.05的基因列表；
7).Scatter Plot: 散点图，X轴为Control（Cy3）数据值，Y轴为Exp(Cy5)数据值，表示芯片上两通道数据总体分布集中趋势。
散点图
三、表达谱芯片服务说明
1.差异基因筛选
对于每个实验组有三次以上生物学重复的实验设计，我们应用T检验筛选任意两个实验组之间差异表达的基因。方差分析（ANOVA）则用于从三个以上实验组筛选差异表达的基因。沃登生物除了提供常规的通过p值筛选的差异基因，还提供通过FDR筛选的差异基因。与p值筛选相比，FDR筛选对多重筛选过程中的假阳性率进行控制，是一种更加严谨的筛选方法。
适用范围：一般用于两组或多组实验状态下的比较，建议每组实验至少有3次生物学重复。
一般筛选标准：Fold Change>=2，p-Value<=0.05
2.聚类分析
为了全面而直观地展示样品之间的关系及基因表达差异情况，将表达基因做层次聚类分析。用挑选的基因的表达情况来计算样品直接的相关性。一般来说，同一类样品能通过聚类出现在同一个簇（Cluster）中，聚在同一个簇的基因可能具有类似的生物学功能。
适用范围：两组或多组样品的表达谱数据
3.GO分析
Gene Ontology（简称GO）是基因功能国际标准分类体系。GO可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（Biological Process）和细胞组成（Cellular Component）三个部分。GO-Analysis对差异基因等按GO分类，并对分类结果进 行基于离散分布的显著性分析、误判率分析、富集度分析，得出与实验目的有显著联系的、低误判率的、靶向性的基因功能分类，该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别。通过该分析有可能找到导致性状变化的重要功能，并且找到该功能所对应的基因。
适用范围：两组或多组数据比较获得的差异基因
4.Pathway分析
信号通路（Pathway）是多个基因间相互作用，共同调节细胞功能和代谢活动的过程。而信号通路分析是通过对差异基因按照Pathway的主要公共数据库KEGG来进行分类，得到与实验目的有显著联系的Pathway 类别。
适用范围：两组或多组数据比较获得的差异基因
5.趋势分析（STEM-Analysis）
从芯片数据中挑选出一群随时间或浓度显著性变化的基因，并同时给出相应的统计检验值来帮助我们筛选具有显著性的基因群体。
适用范围：实验设计为随时间或浓度梯度变化的实验分组数据，并且时间点或浓度梯度不超过8个。
6.基因间相互作用网络分析
通常在表达谱芯片分析后会得到大量的差异表达基因。我们利用主流的几个蛋白相互作用数据库（BIOGRID, INTACT, MINT, DIP, BIND, HPRD）的数据，来获取这些差异表达基因之间，或差异表达基因与其它相关联基因之间蛋白-蛋白相互作用网络，进而得到在网络中处于核心地位的关键基因。
适用范围：两组或多组数据比较获得的差异基因，用于分析的基因数目一般情况下应小于100个。
7.mRNA表达谱 & miRNA表达谱联合分析
根据表达谱芯片结果和miRNA芯片结果联合分析，进一步定位差异miRNA发挥功能的途径以及相应的差异表达靶基因可能引起的生物学通路变化。首先利用差异表达的miRNA找寻靶基因，将其与表达谱中的差异表达基因取交集。这样能找到既是差异miRNA的靶基因又在表达谱芯片中差异表达的基因，可以进一步缩小miRNA可能影响的基因的范围，能够更加准确地研究这些基因所发挥的生物学功能。
适用范围：同时具有mRNA表达谱数据和miRNA表达谱数据的样品，一般情况下用于分析的差异miRNA数目应小于10
根据表达谱芯片结果和miRNA芯片结果联合分析，进一步定位差异miRNA发挥功能的途径以及相应的差异表达靶基因可能引起的生物学通路变化。首先利用差异表达的miRNA找寻靶基因，将其与表达谱中的差异表达基因取交集。这样能找到既是差异miRNA的靶基因又在表达谱芯片中差异表达的基因，可以进一步缩小miRNA可能影响的基因的范围，能够更加准确地研究这些基因所发挥的生物学功能。
适用范围：同时具有mRNA表达谱数据和miRNA表达谱数据的样品，一般情况下用于分析的差异miRNA数目应小于10
*图释：其中方块节点为miRNA，圆形节点为gene。箭头表示预测的靶向关系。红色的点是芯片中上调的节点，绿色的点是芯片中下调的节点。节点的大小与边的多少成正相关。边越多节点越大。
8.具体实验周期请咨询本公司。
四、表达谱芯片服务质量承诺
1.准确可靠的表达谱芯片测序结果；
2.专业权威的表达谱芯片测序分析报告；
3.真实的原始实验数据；
4.详细的实验步骤。
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